Definition Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome.
Accession NC_008312
Length 7,750,108

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The map label for this gene is gacS [H]

Identifier: 113477846

GI number: 113477846

Start: 6852048

End: 6857684

Strand: Reverse

Name: gacS [H]

Synonym: Tery_4447

Alternate gene names: 113477846

Gene position: 6857684-6852048 (Counterclockwise)

Preceding gene: 113477849

Following gene: 113477841

Centisome position: 88.49

GC content: 31.63

Gene sequence:

>5637_bases
ATGCTTATTCCCTCTATCAGTCAGGTTATTAATTACCATCCCCTTACTGCTACGGCAGAAACTGCTGTAGAAGATATAAT
TATTTCCATGAGTAGTACAGGTTCAAGTTGTGTACTAATTACAGAAAAACCATCTTTTTCTACTTCTATAAAAATAGTGA
CTCCAGGCGATCGCAGTCCTGGATCCCCAAAGGGAAATCATCATTCCAATTCTCCAGATGCAAAGCTACAATATTTAGGG
CCAGTTATTGGTATATTTACTGAGGGAGACTTAGTGCAATTAGCCTCTATTGGAGCTCCTCTAAGTGGGTTTCCAATTGC
TCAAATTATGATTAGATCTATAGTAACAGCACAACTATCAGAAATTCCAGATATCTTTGCTCTGTTCGCACTATTTGAAA
AACATAAAATCAACCATCTACCAATTGTTGATAACTTAGAGAGACTTATAGGTCTAATTACTGGTCACAGTTTTCTTTTA
AATCTGAACAATATCAAAAAAAAGGGTGAAAAATCAATCCTCTCAAGAAAGAAAATTAAGAGTCAACAAAAGTTATCTGC
TAATCAAAATAATACTGTAAATAAAGGTTTAAAATCTGAGAATAATTTACTAAAAAATCCAAATAATCAACTATTACCTC
AAGAAATAACCTTCGACTCATCTTTAGAGTTACCAGGCAACTTTATCCCAATTAATCACCTAGAAAAAACCCATGAATCT
CAAGTTATTCAAGGTTCGTTTTCTTTGTCAATCAAACAAATTACCCAACTGATGTCTACCCATAATGTGAGTTATGTTTT
GATTATTGAAGCCACAGAAAAAAAATATCAAAATGAGACTGATATTTATCTCAATCAAGAAAGTTCAAATTCTCAAAAAT
CAATCAAAATTATAGGTACAATTAGTAGTAGAGATATAGTACAACTACAGGCATTAAAAATAGATTTTAATAAAGTTAAA
GCGGGGATAGTTTGTAATAAATCACCAATAGTAATAGGTTCTGATGTTACCCTAGAATTAGCTGTAGATTTGATCAACAA
AAAATATTGCTTATTGCCCCTAATTGTGCAAAATTATATAGGTAAAATTGATTATTTTATTAGTCCTACAAAAGTTATTC
GGCAAATACTTCTAAATAAGTCATTATATCAATCATTAATTCGCTTTTATAGTTATGTAGAAAAAACATATTTAAAATTA
CATCAAGCTAATAAAAAACTTAAGCAATACACCATTGAACAGAACAATTTAGAAAAAAGCCAACTAGCAGCGCCAGAAAC
TACAGGCATAACTCTAAAATTAGATCAAGATGGAATCTGGGATTGGAACATCGAAACTGGCGAAATTTTCTACTCGACTT
TGGGGGAAAAAATGTTAGGTTATACAGAACATGAAATTTCCCATAAAATTAGTTTTGATGAATGGTTAAGTCGAATTCAC
CCAGAGGATAGGGATAAAGTTAATACTGCTATTCAAGAACACTTAACTAAAAAAAATACTATTTATAAAATCAAATATCG
GATTCAAGGTAAAGACAATAATTTCATCTGGATTTTTGATAGTGGACAAACTTTATGGAAATCAGGAAAACCAGTGAGAA
TGGTAGGAATTTTTGTTGATATTACTAAGGAAAAAGAGGCAGAAATAAAACAAAGTTTTCTAGTAGAAAAGCATATCCAA
ATAATTAATAATTTGTCGGAAATAGTTTGGGAAACTGATATTCACGGCAACTTAATTTTTTTAAATCAAGCATGGGAAAA
AATCACTGGTTTTAAACCTAAAAATAGCTTGGGAAAAAATTTTTTAGACTATATTCATCCAGAAGATATAAATAAGTTAA
ATTTTCTTACAAAAAATCATCCAGAAAATACAGAGTTAGCTATTATTCATAATAAATTAGTTGCAGATTCCTATCAATTA
CAGTTGTTAACCAAAACGGGAGGCTATTGTCCAGTAAAAATGAAGAGTACATTGGTATTTGATAGGGAAAACAAGGTTAC
TGGTATAGTAAGTACTCTAAGTAATATTTCTGAGGATATTGCCACCCAACAACAATTACAAGCTAGTCAAAAAGCAATCA
AAGAATTGTATGAAGTGACTACAAATGCAGATATTTCCTTTGAAAGCAAAATAGTGGCATTACTGGAAATGGGATGCCAT
CGTTTTGGGATGGATATAGGTTTATTAGGGCAAGTTTTAGGAGAACTTTATAAAGTTATTGCAGCTCATCTACCAGAAAA
TTTTCTATTTGGAATAGCTGAAGGAGACATTTTTACCCTGGAACAAACATTTGACCAGGAAGCATTACAATACGATGAAC
CCTTCGTTATTGAATCAGCGAAAAACTCACAATGGCGACATCATCCTGCTCACACAGTGCGTCATGTCGAGTCTTATATT
GGCACTAAAATTTTGGCATCAGGAATAGTTTATGGTACTCTTAGTTTTTCCAGTCGTCTTACTAAGAATAAGTGGAGTTC
TATAGATATAGAAGTTTTAAAACTAATGGCAAATTATATTGGTGGTGAGTTGTTGCGAGAAGATGAGAGAAAAGCTTTAG
AAAATAAATATCAGCACTTTTTATTACTTAAACAAATTACCCAAGAAATTTGCTCGAAGTTAGATACTAAAGAAATTTTT
CAGACTACTGTTACTCAAATTGGACGAGCATTTAAAGTGAGCCGTTGTTTAATTCATAGTTATGTTACTGAACCTGATTT
ACATCTACCTTGTATGGCTGAGTATTTGGAAACAAACCATGAATCAATATTGGGTTTAGATCTGATTATTACTTCTAATT
ATTATACAGAAAAATTATTAGGAGAAGACAGAGCGATCGCCTCTCCAGATGTATTTTCAGATCCTCTGTTAAATTCAGAT
GTACCGATGTACCAGAAACTAAAAGTTAGATCAATATTGGCAATTCGTACCTCCTATCAAGGAAAACCAAATGGTATTAT
TCATTTACATCAATGTGATTATATACGTCAGTGGAAACAGGATGAAATAAGTTTATTAGAAGAGGTGGCATTTCAGGTAG
GATTAACATTAGCTAAAGCACAAATATTAGAGTCAGAAGTTACCCATAAAGAAGAATTAGAGGCTGAAAATCAAGCCTTA
GAAAAAGCACGAGAAGTAGCAGAAGTAAGGAACCGTGCTCAAGGGGAATTATTAGCAATGATGAGTCACAAATCTCAGAC
CAATATGAATGATGTAATGATGATGACAAGTTTGTTATTAAGTATGAAATTAAATCCTAAACAAAGAGATTTTGTGAAGA
CTATTCTCGCCAGGGGAGATGTAGTAATAAATATGATTAATAATATTCTTGACTTTACTAAAATTAAATCTGGGGAAGTA
GAATTAGAACTAAGTCCTTTGGATATTAGAGGCTGTGTTGAAGATCTGCTAAAATCATTAGATATAATAGCAAAAAATAA
AAAATTAGAACTTGCTTATTTAATTGATAAAAATGTGCCTAGAATAATTTTAACAGATGATAAAAAACTGGTTAATATAT
TGTTTAATTTACTAAAAAATAGTATTAATTTCACAAAAACAGGAGAAATAGTTGTTTATATTAGTGCTATAAAAAAATCG
GAAAAAAGTCAGGAATATAGTCAATTAGAAGCAATAAGTTATGAGGAAATATCTGATTTTAAAGGGGCTGGCAAAATCAC
AGATAACTATGAAATACAATTTGCTGTTAAGGATACAGGTGCTGGTATTCCTCTAGACCAAATAGATCACTTATTTAAAG
ATTTTTCTCAAGTGTCTCCTGCCACGAATAGAGAATATGATGGTTTAGGTTTAGGATTAGTTATTAGTCAAAGATTGAGT
CAAATGATGGGTGGTCAAATGTGGGTAGTTTCTCAGCCATTAGAAATTAAGAATTTGTCAGAGGAAAAAAAACAAATATC
TCTCTTAAAAATTGAGGATAGTAGGGACATTAATTTCCCAAAAAATCCAATAAATGTTTATAATTCTAGTTCTCCTGAAT
CTAAAGTAAATATTGCCGGAAATCCACCGCATTACTTTGTTAAACCAGAACTAAGTGGCAGAGGTTCAATCTTTTATTTT
ACTATTCAAGCTAAGGCAATTGCAATGTATTCTCCGGAAATAGTTGATGGTTTACTAAGAGGTAAGAAAATATTGGTTGT
AGAAAGTAATATTATTAATCAAGAGGAAATTAAACAGCAAGTTAAGCAATGGGAAATGATACCTATAGTTGCTGATTCTG
CTACCAAAGCTTTAAGCGACTTGGAACAGGGAAAAGTTTTTGATCTTGGAATTATTGCTATGGATATTTCAGATATGGAT
GGGTTGACATTAGCTAGAAAGATTCGCAAGTTGGAAGCTGAACAAAACTCAAAACAAAATAAGAATGATAAGTCATTTTT
ACCATTACTAATGTTGAATTATATTGATACAGTAGATATTTCCCGAGAACTTCAGGAAGCAAAAGTTAGTCTAGCTGGAT
TTTTGAATATACCTATCAAACAGTCTCAGTTTTATAATGTTTTATTGGAAGTATTTGGAACTAGAAAGGAAGAAGAGGTA
AACGACAAAGTTCCTAGTTTAGATATGGAAGATTTTCAAGATTTAAGTGAAAAAAATAGGGATTATACTAATATTCGTAT
ATTGTTAGCAGAGAATAATGTAGTGAATCAAAAAGTTGTAATACACTTACTAGAAAAAATTGGTTACCTTGCAGATGTAG
CTGCTAACAAAGTAGAATTTTTGGATGCTTTGAAGCGGATATCCTATGATGTGGTATTAATGGATGTGCAGATGAATAAT
GGAGATGGGATAGGAATAACTAATCAAATATGTCAAAGATACTCTGAAGAAAAACGCCCTTGGATAATTGCTATGACAGC
TAATGCAAGGTCGGGCGATCGCGAGAAGTATCTAAATGCTGGTATGGATGATTATATGACTAAACCAGTTGATCAGGAAA
AATTAGTAGAAGTTTTAAATAAATTCAAGAGAATACGAAACCAAAAATTAGGCTCCAAAACGGATTTAGAAAATGCAGTT
AGGAGTCATTCTTCTGTTATCAGGTCAACATTAGTTAAAACTAACTCTTCTAGGCAACCAGTTATTCAGAAGCCGAGTTT
TACTAACTTTCAGGTAGAGTCAACTTCTCAGTCAGATGAAATAATATCACTCAAAAGTACGTTGCCTATTGTTATACCAA
GCAATATAGAAGATGTACCAGAAACTAAAGAAATTACAATGCCAGGTTTAGATTTATTAAACGATCAACAACTGGCTGTC
GATCCTAAAATTATAGAAAAATTTTGCAATCTTTATTATGATGAACCAGATACCCCAATTATTTTGATACAAGATTATCT
TACTGATGGGAATAAAAATATAAATATGATTAGGAATTATATCAACAAGGGTAATTTTAATGCATTAAAGACAGCTTCTC
AGAAATTCAAGACTAGCAGTGCTTTATTGGGGGCAATTAATTTTTCTAAACTATGTGAAGAGTTAGAGAAGATGGCTCTT
GCTGTGATTGAGTCTAGAGAAGATTTTGATTTAGAAAAAGCTACGAAAATTTTCTTACAAAGCAAAAATGAATGGGAAAG
AGTTCAAAAAGAGTTAAGTACAAAAATGAATTGCTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
AATTATAGAATCCCAGTAAAGAAAACCTCAAAAATAGCATTATTTCGGGACATAAACCCACATTAACAATTTTTAGCAAA
ATAACCAGAGTAACTGCAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TCCTTGAGCTGGGAAATAGTAAATTAATCCTGATCTACAGAAAGATGCTCCTTAATGGTTTGATAACAATCAGAAACGGA
CGATCTTTCTGTCATGGCCT

Product: multi-sensor hybrid histidine kinase

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 1878; Mature: 1878

Protein sequence:

>1878_residues
MLIPSISQVINYHPLTATAETAVEDIIISMSSTGSSCVLITEKPSFSTSIKIVTPGDRSPGSPKGNHHSNSPDAKLQYLG
PVIGIFTEGDLVQLASIGAPLSGFPIAQIMIRSIVTAQLSEIPDIFALFALFEKHKINHLPIVDNLERLIGLITGHSFLL
NLNNIKKKGEKSILSRKKIKSQQKLSANQNNTVNKGLKSENNLLKNPNNQLLPQEITFDSSLELPGNFIPINHLEKTHES
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GTKILASGIVYGTLSFSSRLTKNKWSSIDIEVLKLMANYIGGELLREDERKALENKYQHFLLLKQITQEICSKLDTKEIF
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AVIESREDFDLEKATKIFLQSKNEWERVQKELSTKMNC

Sequences:

>Translated_1878_residues
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>Mature_1878_residues
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AVIESREDFDLEKATKIFLQSKNEWERVQKELSTKMNC

Specific function: Forms part of a two-component regulatory system gacA/gacS(lemA). May be involved in lesion formation, swarming and in the production of extracellular protease, syringomycin and N- acyl-L-homoserine lactone (acyl-HSL). Required for pathogenicity on bean [H

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Probable) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 response regulatory domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1789149, Length=263, Percent_Identity=33.0798479087452, Blast_Score=136, Evalue=1e-32,
Organism=Escherichia coli, GI87081816, Length=433, Percent_Identity=24.2494226327945, Blast_Score=114, Evalue=7e-26,
Organism=Escherichia coli, GI48994928, Length=260, Percent_Identity=28.0769230769231, Blast_Score=104, Evalue=5e-23,
Organism=Escherichia coli, GI145693157, Length=272, Percent_Identity=28.3088235294118, Blast_Score=100, Evalue=1e-21,
Organism=Escherichia coli, GI1788713, Length=259, Percent_Identity=28.1853281853282, Blast_Score=91, Evalue=6e-19,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR003594
- InterPro:   IPR011006
- InterPro:   IPR003660
- InterPro:   IPR004358
- InterPro:   IPR008207
- InterPro:   IPR003661
- InterPro:   IPR005467
- InterPro:   IPR009082
- InterPro:   IPR001789 [H]

Pfam domain/function: PF00672 HAMP; PF02518 HATPase_c; PF00512 HisKA; PF01627 Hpt; PF00072 Response_reg [H]

EC number: =2.7.13.3 [H]

Molecular weight: Translated: 212706; Mature: 212706

Theoretical pI: Translated: 6.42; Mature: 6.42

Prosite motif: PS50112 PAS ; PS50113 PAC ; PS50110 RESPONSE_REGULATORY ; PS50109 HIS_KIN

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
2.0 %Met     (Translated Protein)
2.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
2.0 %Met     (Mature Protein)
2.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MLIPSISQVINYHPLTATAETAVEDIIISMSSTGSSCVLITEKPSFSTSIKIVTPGDRSP
CCCCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHEEECCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCC
GSPKGNHHSNSPDAKLQYLGPVIGIFTEGDLVQLASIGAPLSGFPIAQIMIRSIVTAQLS
CCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCEEEEECCCCHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
EIPDIFALFALFEKHKINHLPIVDNLERLIGLITGHSFLLNLNNIKKKGEKSILSRKKIK
HCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SQQKLSANQNNTVNKGLKSENNLLKNPNNQLLPQEITFDSSLELPGNFIPINHLEKTHES
HHHHHCCCCCCCHHCCCCCCCCHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEECCHHHHHHHHH
QVIQGSFSLSIKQITQLMSTHNVSYVLIIEATEKKYQNETDIYLNQESSNSQKSIKIIGT
HEEECHHHEEHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECHHHCCCCCCEEEECCCCCCCCEEEEEEE
ISSRDIVQLQALKIDFNKVKAGIVCNKSPIVIGSDVTLELAVDLINKKYCLLPLIVQNYI
CCCCCEEEEEEEEEEHHHHCCCEEECCCCEEEECCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH
GKIDYFISPTKVIRQILLNKSLYQSLIRFYSYVEKTYLKLHQANKKLKQYTIEQNNLEKS
CHHHEEECHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHH
QLAAPETTGITLKLDQDGIWDWNIETGEIFYSTLGEKMLGYTEHEISHKISFDEWLSRIH
HCCCCCCCCEEEEECCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCHHHHHHHCC
PEDRDKVNTAIQEHLTKKNTIYKIKYRIQGKDNNFIWIFDSGQTLWKSGKPVRMVGIFVD
CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCHHHCCCCCEEEEEEEEE
ITKEKEAEIKQSFLVEKHIQIINNLSEIVWETDIHGNLIFLNQAWEKITGFKPKNSLGKN
ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCEEEEECHHHHHCCCCCCHHHHHH
FLDYIHPEDINKLNFLTKNHPENTELAIIHNKLVADSYQLQLLTKTGGYCPVKMKSTLVF
HHHHCCCCCCCHHHCEECCCCCCCEEEEEEHHHHCCCEEEEEEECCCCCCEEEECCEEEE
DRENKVTGIVSTLSNISEDIATQQQLQASQKAIKELYEVTTNADISFESKIVALLEMGCH
ECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
RFGMDIGLLGQVLGELYKVIAAHLPENFLFGIAEGDIFTLEQTFDQEALQYDEPFVIESA
HHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHCCCCEEEECC
KNSQWRHHPAHTVRHVESYIGTKILASGIVYGTLSFSSRLTKNKWSSIDIEVLKLMANYI
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHH
GGELLREDERKALENKYQHFLLLKQITQEICSKLDTKEIFQTTVTQIGRAFKVSRCLIHS
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YVTEPDLHLPCMAEYLETNHESILGLDLIITSNYYTEKLLGEDRAIASPDVFSDPLLNSD
HCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
VPMYQKLKVRSILAIRTSYQGKPNGIIHLHQCDYIRQWKQDEISLLEEVAFQVGLTLAKA
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QILESEVTHKEELEAENQALEKAREVAEVRNRAQGELLAMMSHKSQTNMNDVMMMTSLLL
HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH
SMKLNPKQRDFVKTILARGDVVINMINNILDFTKIKSGEVELELSPLDIRGCVEDLLKSL
HHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHH
DIIAKNKKLELAYLIDKNVPRIILTDDKKLVNILFNLLKNSINFTKTGEIVVYISAIKKS
HHHCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCEEEEEEHHHCH
EKSQEYSQLEAISYEEISDFKGAGKITDNYEIQFAVKDTGAGIPLDQIDHLFKDFSQVSP
HHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC
ATNREYDGLGLGLVISQRLSQMMGGQMWVVSQPLEIKNLSEEKKQISLLKIEDSRDINFP
CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCHHHCCHHHHHCEEEEEEECCCCCCCC
KNPINVYNSSSPESKVNIAGNPPHYFVKPELSGRGSIFYFTIQAKAIAMYSPEIVDGLLR
CCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCEEECCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCHHHHHHHHC
GKKILVVESNIINQEEIKQQVKQWEMIPIVADSATKALSDLEQGKVFDLGIIAMDISDMD
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