| Definition | Helicobacter acinonychis str. Sheeba chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008229 |
| Length | 1,553,927 |
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The map label for this gene is vacA paralog [H]
Identifier: 109947897
GI number: 109947897
Start: 1197386
End: 1207036
Strand: Reverse
Name: vacA paralog [H]
Synonym: Hac_1393
Alternate gene names: 109947897
Gene position: 1207036-1197386 (Counterclockwise)
Preceding gene: 109947898
Following gene: 109947876
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Gene sequence:
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Product: vacuolating cytotoxin paralog VacA
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 3216; Mature: 3216
Protein sequence:
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Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 352472; Mature: 352472
Theoretical pI: Translated: 9.62; Mature: 9.62
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.6 %Met (Translated Protein) 1.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.6 %Met (Mature Protein) 1.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLQWIASKYDHMKGFKMIAKNDKTDLKTKHFKNRSFRGIKKKIAKKYKAKNQSLITHAFQ CCCHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH SHAFKMCSSLSLNKKIFLGLGFVSALSAQSEDYNSSVYWLNSVNKNHSNKSYYISPLRTW HHHHHHHHCCCCCCEEEEEECHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEHHCC AGGNRQFTQNYNNSKLYIGTKDASATPNNNSIWFGGAYNDFWHQYQGYVGYITGVFKARD CCCCEEEECCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEE IFITGDIGSGNQLKTGGGATLVFESSNDLTTNEAHFKNDKAGTQNSWMNLISSNSVHLKN EEEEECCCCCCEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCEEEEE TTFSNQTPNGGFNVKGKNINYEGGSISGGNFGFDNVDRHGKTTINGVTFNDNGTLTYKGG CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEECCC NSIGGSISFINSNINHYKLNLHANDITFNNTTLGSMPNGNANTVGEVYVLNASNITFNNL CCCCCEEEEEECCCEEEEEEEEECEEEECCEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEE TFDGGWFVFARFNAHVNFQGTTTINSSASPFLNMTGKVTIEPNAIFNIQNYTPTIGSTYT EECCCEEEEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEECCEEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEE LFSMKNGSITYNDVNNLWNIIRLKNTQATKDNSKNATSSNNTHTYYVTYNLGGTLYNFKE 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