| Definition | Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008086 |
| Length | 1,596,366 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 108563015
GI number: 108563015
Start: 609910
End: 619467
Strand: Direct
Name: vacA [H]
Synonym: HPAG1_0590
Alternate gene names: 108563015
Gene position: 609910-619467 (Clockwise)
Preceding gene: 108563014
Following gene: 108563022
Centisome position: 38.21
GC content: 39.39
Gene sequence:
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Downstream 100 bases:
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Product: putative vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 3185; Mature: 3185
Protein sequence:
>3185_residues MIDKNNKIDLKNKRFKNRSFKGIKKKIAKKYTIKNSPLTIYSLKTHSNSSLSFNKKIFLGLGFVSALSAEDYNSSVYWLN SVNENNSNKSYYISPLRTWAGGSRSFTQNYNNSKLYIGTKNASATPNNNSIWFGKEGYIGFITGVFKARDIFITGAVGSG NEWKTGGGAILVFESSNELSTNGAYFQNNKAGTQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNAMGRKITYNGGIVNGGN FGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNNSTLGSMPNGNINTIGNAYIL NASNITFNNLTFNGGWFVFNRPDAHVNFQGTTTINNPTSPFLNMTGNVNINANAIFNIQNYTPSIGSAYTLFSMKNGNIT YNDVGNLWNIIRLKNTQATKDNSKNATSNNNTHTYHVTYNLGGTLYHFRQIFSPDSIVLQSVYYGANNIYYTNSVNIHDN VFNLKNINDDRADTIFYLNGLNTWNYTNARFAQTYGGKNSALVFNATTPWANGAIPKSNSTVRFGGYEGVNWGKTGYITG TFTADRVYITGNMMTGNGAQTGGGATLNFVGATEINIAGATFKNLKTTSQNSYMTFIALGDSSGSGKINVSQSDFYDWTG GGYDFTGNGVFDSVNFNKAYYKFQGPKNTYTFKNTNFLAGNFKFQGKTTIEKSVLDDASYTFDGINNTFTENKFNGGSFS FNHAEQTNAFNNNSFNGGSFSFNAKQVDFNHNSFNGGVFNFNNTPKASFTDDTFNVNNQFKINGAQTAFTFNKGVVFNMQ GLLSSLSVGTTYQLLSARSVDYKDNNALYQMLRWISGENPSGTLVNKDQSTPDSTKIYNVQFTDNGLTYYIKENFNNGIT LTRLCTLGYTHCVNIDNDAFNLKNINNNASNTVFYLNGMTTWKTAGTGVFTQDYSGANSVLVFNQTTPFLAGANPTSNSV VSFGKTSGAEWGLVGYIQGVFKANQIDITGTIRSGNGAKTGGGATLVFNAQERLNIANANLNNDKAGLQNSWMNFIVNNG NLNVTNANFSNQTPNGGFNLKANNITWDKGSVSGGGNFGVDSASANGNAVIKNINFSDNGTLIYKGGENSTGNSLTLENN TFNSYNINAKVQNLIFNNNSFNGGSYSFNNTKNTTFKGTNTLINSDPFSRLQGSIAIDNNSIFNIERDLTDKTTYTLLSG NSIKYNNQALADNAFSKNLWNLIHYGGEQGTLLRADNNTFFVQFTQSNGQKFVFEETFNSSSITYKYFTIHSSSFHTEAD SKDIWSQVRKQFDFIPGKTPVCVGVCYIAPYKNQDLIGSSAFAWSLNFGATVVGTLLLGSAQEKANNNGGSIWFGKNNLL YLHGNFNATNIFLTNNFNVGNPNAGGGATINFNADETLNADGLDYTNFQTVALGLQTSASQHSWANFNSRLSMEIKNSNF RDFTWGGFNFNSGRIAFENTTFSGWTNINGATESGSSYVNMVANTDLIFSNSILGGGIRYDLKANNIIFNNSQIVIDVSK NVNQSSLNGNVTFNHSRLSVKPNAAINIGDSQTQTTLENASSLSFYNNSVANFNGTTAFNGVSYLNLNPNAQLSFNQANF NNANVTFYGIPLFGKTPDFGNSARLINFKGNTNFNQATLNLRAKNIHINFQGASIFENNSTMNLAESSQASFNALSIEGE TNFNLNGSSLLNFNGNSVFNAPVSFYANNSQISFTHLATFNADASFDLSNNSTLNFQSVLLNGALNLLGNGANALSINAS GNFSFGTQGILNLSNVNLFDAENKPLVYNILQAQNIQGLMGNNGYEKIRFYGIQIDKADYSFNNGVHSWRFTNPLNTTET ITETLHNNRLKVQISQNGVSNNEMFNLAPSLYDYQKNPYNETENSYNHTSDKAGTYYLSSNIKGFNQNNETPGTYNAQNQ PLQALHIYNQAITKQDLSVIASLGKEFLPKMANLIASGALDHLNLNSPNSFETLFGIFEKYGITLNQANWKSLLKIINNF SNTANYDFSQGNLVIGAIKEGQTNTNSVVWFGGEGYKEPCAVGDNTCQMFRQTNLGQLLHSSAPYLGYINANFKAKNIYI TGTIGSGNAWGSGGSANVSFESATNLVLNQANIDAQGTDKIFSYLGQGGIEKLFGEKGLANALSNIVYEESLNDNAIPKD LANMIPKDFGSKTLSSLLSPTEVNNLLGVSAFKNAIMEILNSKTVGDVFGENGLLNALDPTERKKIDQMLLEQIQAHSSG FEKFIVKTLGIENVENFINNWYGKQSLSSFANNFVPGGLNQALDKIGSSSDAKDLQSFLDKTTFGDILNQMINQAPLINK LISWLGPQDLSVLVNIALNSITNPSKELTSTISSIGEKALNDLLGKGVVNKIMSNQVLGQMINKIVADKGLGGVYHQGLG TILPKSLQDELKQLGMGSLLKPKGLHNLWQKGNFNFVAKDYVFINNSSFSNATGGELNFVAGKSIIFNGKNTINFTQYQG RLSFVSKDFSNISLDTLNATNGLTLNAPKNDISVQKGQICVNVLNCMSEKKADSSSSAPTNETLEVNANNFAFLGAIKAN GLVDFSKVLQNTTIGTLDLEPNATFKANNLIVNNAFNNNSNYRANISGNLNVVKGAALSTNENGLNVGGNFKSEGPLTFN LKRPTDKTILSVTGASTIMSYNNQALIHFNTQLKQGTYTLIDAKRMVYGYDNQIIRQGSLSDYLKLYTLIDFNGKRMQLK GDSLSYDNQPVNIKDGGLVVSFKDNQGQMVYSSILYDKVQVSVSDKPMDIHAPSLEYYIKYIQGSAGLNAIKSAGNNSIL WLNELFVAKGGNPLFAPYYLQDNPTEHIVTLMKDITSALGMLSKPNLKNNSTDVLQLNTYTQQMGRLAKLSNFASFDSTD FSERLSSLKNQRFADAIPNAMDVILKYSQRDKLKNNLWATGVGGVSFVENGTGTLYGVNVGYDRFIKGVIVGGYAAYGYS GFYERITNSKSDNVDVGLYARAFIKKSELTFSVNETWGANKTQISSADTLLSMINQSYNYNTWTTNARVNYGYDFMFKNK SVIIKPQIGLRYYYIGMTGLEGVMHNALYNQFKANADPSKKSVLTIDFAFENRHYFNKNSYFYAIGGVGRDLLVRSMGDK LVRFIGNNTLSYRKGELYNTFASITTGGEVRLFKSFYANAGVGARFGLDYKMINITGNIGMRLAF
Sequences:
>Translated_3185_residues MIDKNNKIDLKNKRFKNRSFKGIKKKIAKKYTIKNSPLTIYSLKTHSNSSLSFNKKIFLGLGFVSALSAEDYNSSVYWLN SVNENNSNKSYYISPLRTWAGGSRSFTQNYNNSKLYIGTKNASATPNNNSIWFGKEGYIGFITGVFKARDIFITGAVGSG NEWKTGGGAILVFESSNELSTNGAYFQNNKAGTQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNAMGRKITYNGGIVNGGN FGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNNSTLGSMPNGNINTIGNAYIL NASNITFNNLTFNGGWFVFNRPDAHVNFQGTTTINNPTSPFLNMTGNVNINANAIFNIQNYTPSIGSAYTLFSMKNGNIT YNDVGNLWNIIRLKNTQATKDNSKNATSNNNTHTYHVTYNLGGTLYHFRQIFSPDSIVLQSVYYGANNIYYTNSVNIHDN VFNLKNINDDRADTIFYLNGLNTWNYTNARFAQTYGGKNSALVFNATTPWANGAIPKSNSTVRFGGYEGVNWGKTGYITG TFTADRVYITGNMMTGNGAQTGGGATLNFVGATEINIAGATFKNLKTTSQNSYMTFIALGDSSGSGKINVSQSDFYDWTG GGYDFTGNGVFDSVNFNKAYYKFQGPKNTYTFKNTNFLAGNFKFQGKTTIEKSVLDDASYTFDGINNTFTENKFNGGSFS FNHAEQTNAFNNNSFNGGSFSFNAKQVDFNHNSFNGGVFNFNNTPKASFTDDTFNVNNQFKINGAQTAFTFNKGVVFNMQ GLLSSLSVGTTYQLLSARSVDYKDNNALYQMLRWISGENPSGTLVNKDQSTPDSTKIYNVQFTDNGLTYYIKENFNNGIT LTRLCTLGYTHCVNIDNDAFNLKNINNNASNTVFYLNGMTTWKTAGTGVFTQDYSGANSVLVFNQTTPFLAGANPTSNSV 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Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 348167; Mature: 348167
Theoretical pI: Translated: 9.31; Mature: 9.31
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MIDKNNKIDLKNKRFKNRSFKGIKKKIAKKYTIKNSPLTIYSLKTHSNSSLSFNKKIFLG CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHEEECCCCEEEEEEEECCCCCCEECCEEEEE LGFVSALSAEDYNSSVYWLNSVNENNSNKSYYISPLRTWAGGSRSFTQNYNNSKLYIGTK ECHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEHHHCCCCCCCHHCCCCCCEEEEEEC NASATPNNNSIWFGKEGYIGFITGVFKARDIFITGAVGSGNEWKTGGGAILVFESSNELS CCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC TNGAYFQNNKAGTQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNAMGRKITYNGGIVNGGN CCCCEEECCCCCCCHHEEHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCEEECCC FGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNN CCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCEEEECC STLGSMPNGNINTIGNAYILNASNITFNNLTFNGGWFVFNRPDAHVNFQGTTTINNPTSP CCCCCCCCCCCEECCCEEEEECCCEEEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCC FLNMTGNVNINANAIFNIQNYTPSIGSAYTLFSMKNGNITYNDVGNLWNIIRLKNTQATK EEEECEEEEECCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEECCCCCEEEEEEECCCCCCC DNSKNATSNNNTHTYHVTYNLGGTLYHFRQIFSPDSIVLQSVYYGANNIYYTNSVNIHDN 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Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
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Availability: NA
References: 7629077 [H]