| Definition | Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008086 |
| Length | 1,596,366 |
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The map label for this gene is virB4 [H]
Identifier: 108562442
GI number: 108562442
Start: 15556
End: 17919
Strand: Direct
Name: virB4 [H]
Synonym: HPAG1_0017
Alternate gene names: 108562442
Gene position: 15556-17919 (Clockwise)
Preceding gene: 108562441
Following gene: 108562443
Centisome position: 0.97
GC content: 37.44
Gene sequence:
>2364_bases ATGTTAGAAAAGCTTTTGAACGCTATCAAACAAAAGGTTTCAAACTATTTTTTAGGGGTTTTGCCTAAAAGCTATTCCAT GAGCGAAGAAAACAACATTTTAGGCTTGTATGATGAGCATTTCTTGCTCACTAAAAACGAAAACTTAGTGGGTATTCTTC GTTTAGAAGGGGTTAGTTACACCCATTTAAGCACAGAGCAATTGCAAGATCTCTTCACCGAGCGCCAGATGGCGTTGGAT TCTTTAGAAAAAGTTGTGGCGCGCCTTGTGGTTAAAAGGCGTAAAATTGATCACCAACAAAACATTCAAGCTGACTCTAA ATACTTGCAAGCGATTTTGAATCAATTTGAAAACAAAGAGGTGTATGAAAATCAGTATTTTTTAGTTTTAGAAAGCGCGC ATTCTTTACAGGGCGTTTTAGAGCATAAGAAAAAATCTCTCATGCATGCCAATAGGGAAAATTTTAAGGACATCCTCTCT TATAAAGCGCATTTTTTGCAAGAAACTTTAAAAAGCTTAGAAATCCAGCTCAAAAATTATGCCCCCAAACTCTTAAGCTC TAAAGAGGTTTTGAATTTTTATGCAGAATACATTAATGGGTTTGATCTCCCTTTAAAACCCCTAGTAGGGGGGTATTTGA GCGATAGCTATATCGCTAGTTCTATCACTTTTGAAAAAGATTATTTCATTCAAGAAAGTTTTAATCAAAAAACCTACAAC CGCTTGATTGGCATTAAAGCTTATGAGAGCGAACGCATCACTTCTATAGCGGTGGGAGCGCTTTTATACCAAGAAACGCC ACTAGATATTATCTTTTCCATAGAACCTATGAGCGTGCATAAAACGCTGAGTTTTTTAAAAGAGAGAGCCAAGTTTAGCA TGTCTAATCTTGTTAAAAACGAGCTGCTAGAATACCAAGAACTAGTCAAAACCAAACGCCTATCCATGCAAAAATTCGCC CTAAACATTCTTATCAAAGCCCCTAGTTTAGAGGATTTAGACGCTCAAACGAGCTTAATTTTAGGGCTTTTATTTAAAGA AAACTTAGTGGGCGTTATAGAAACTTTTGGCTTGAAAGGGGGGTATTTTTCCTTTTTCCCTGAACGCATCCATTTAAACC ACCGCTTGCGCTTTTTAACTTCTAAAGCCCTAGCGTGTTTAATGGTGTTTGAAAGGCAAAATTTAGGCTTTAAGGCTAAT TCATGGGGGAATAGCCCTTTGAGCGTGTTTAAAAATTTGGATTATTCCCCTTTTTTATTCAATTTTCACAACCAAGAAGT GAGCCACAATAACGCTAAAGAAATCGCCAGAGTGAATGGGCATACTTTAATCATAGGGGCTACTGGGAGCGGTAAAAGCA CGCTGATTAGCTTTTTAATGATGAGCGCTTTGAAATACCAAAACATGCGCCTTTTAGCCTTTGACAGGATGCAAGGGTTG TATTCTTTCACCAAATTTTTTAAAGGGCATTACCATGACGGCCAATCTTTTAGCATCAACCCCTTTTATTTAGAGCCTAA TTTACAGAATCTAGAATTTTTGCAATCCTTCTTTTTGAGCATGCTTGATCTTGCCCCTTCAAGGGATAAAGAAGCCTTAG AAGACATGAATGCGGTTTTTAGCGCGATTAAGAGCCTTTATGAGACCTTATACCCTAAAGCCTTTAGTTTGCTAGACTTT AAAGAAACGCTTAAAAGAACCTCATCTAACCAACTAAGCTTGAGCTTGGAGCCGTATTTGAATAACCCCCTTTTTAACGC TTTGAATGACGCACTCAACTCCAACGCTTTTTTAAATGTGATAAACCTGGACACCATCACCCAAAACCCTAAAGACTTAG GGCTTTTAGCCTATTACTTGTTTTATAAAATTTTAGAAGAATCCAGGAAAAACGACAGCGGCTTTTTGGTTTTTTTAGAC GAGTTTAAATCCTATGTGGAAAACGATTTATTGAACACTAAAATTAACGCTTTAATCACGCAAGCCAGAAAAGCTAATGG CGTGGTGGTGTTGGCCTTGCAAGATATTTACCAATTAAGTGGGGTTAAAAACGCTCATAGTTTTTTAAGCAACATGGGGA CTCTTATTTTGTATCCGCAAAAAAACGCTAGGGAGTTGAAACACCATTTCAATGTGCCTTTGAGCGAAACTGAAATTTCT TTTTTAGAAAACACCCCTTTGTATGCCAGGCAGGTTTTAGTCAAAAATCTGGGTAATGGGAATTCTAACATGATTGATGT GAGTTTGGAAAGTTTGGGGCGTTATTTGAAAATCTTTAATTCAGACTCTAGCCATGTGAATAAAGTGAAAGCGTTACAAA AAGACTACCCAAAAGAGTGGCGTGAAAAACTTTTGAAGAGCTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases GCGCTCTTTAGCGTGCTGGAATTTTTTGATGAAGATATTGCAGATATTATTGTGGCTAAAAGCAAAATAAAGACTAAAAC TAAATGTTATAGAGCGTAGA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTAAAAAGTTAATATCAATTTGAAGCACTCCTATTCAGATGGCTAAGGCACACAAGAAATTAGGGGACTCTGCTGTAT TCCTACCCTGAAGCGTTACC
Product: ATPase/DNA transfer protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 787; Mature: 787
Protein sequence:
>787_residues MLEKLLNAIKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQADSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFIQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAVGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGQSFSINPFYLEPNLQNLEFLQSFFLSMLDLAPSRDKEALEDMNAVFSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLSLSLEPYLNNPLFNALNDALNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGNSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS
Sequences:
>Translated_787_residues MLEKLLNAIKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQADSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFIQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAVGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGQSFSINPFYLEPNLQNLEFLQSFFLSMLDLAPSRDKEALEDMNAVFSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLSLSLEPYLNNPLFNALNDALNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGNSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS >Mature_787_residues MLEKLLNAIKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSYTHLSTEQLQDLFTERQMALD SLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQADSKYLQAILNQFENKEVYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILS YKAHFLQETLKSLEIQLKNYAPKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFIQESFNQKTYN RLIGIKAYESERITSIAVGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSNLVKNELLEYQELVKTKRLSMQKFA LNILIKAPSLEDLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKGGYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKAN SWGNSPLSVFKNLDYSPFLFNFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL YSFTKFFKGHYHDGQSFSINPFYLEPNLQNLEFLQSFFLSMLDLAPSRDKEALEDMNAVFSAIKSLYETLYPKAFSLLDF KETLKRTSSNQLSLSLEPYLNNPLFNALNDALNSNAFLNVINLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLD EFKSYVENDLLNTKINALITQARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS FLENTPLYARQVLVKNLGNGNSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEWREKLLKS
Specific function: The type IV secretion system VirB/VirD4 is a major virulence determinant for subversion of human endothelial cell (HEC) function. VirB-dependent changes of HEC include massive cytoskeletal rearrangements, a proinflammatory activation by nuclear factor NF-
COG id: COG3451
COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB4 components
Gene ontology:
Cell location: Cell inner membrane (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the trbE/virB4 family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003593 - InterPro: IPR004346 - InterPro: IPR018145 [H]
Pfam domain/function: PF03135 CagE_TrbE_VirB [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 90374; Mature: 90374
Theoretical pI: Translated: 8.99; Mature: 8.99
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.1 %Cys (Translated Protein) 2.0 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.1 %Cys (Mature Protein) 2.0 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLEKLLNAIKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCEE THLSTEQLQDLFTERQMALDSLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQADSKYLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKAHFLQETLKSLEIQLKNY HHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFIQESFNQKTYN CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHHEEECHHHHHHHHCCHHHHH RLIGIKAYESERITSIAVGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSNLVKN HHHCEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLEDLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTKFFKGHYHDGQSFSINPFYLEPNLQNLEFLQSFFLSMLDLAPSRDKEALEDMNAVF HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH SAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLSLSLEPYLNNPLFNALNDALNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNTKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGNSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC >Mature Secondary Structure MLEKLLNAIKQKVSNYFLGVLPKSYSMSEENNILGLYDEHFLLTKNENLVGILRLEGVSY CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEECCCCEEEEEEECCCEE THLSTEQLQDLFTERQMALDSLEKVVARLVVKRRKIDHQQNIQADSKYLQAILNQFENKE ECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC VYENQYFLVLESAHSLQGVLEHKKKSLMHANRENFKDILSYKAHFLQETLKSLEIQLKNY HHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APKLLSSKEVLNFYAEYINGFDLPLKPLVGGYLSDSYIASSITFEKDYFIQESFNQKTYN CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCHHCCHHHHHHEEECHHHHHHHHCCHHHHH RLIGIKAYESERITSIAVGALLYQETPLDIIFSIEPMSVHKTLSFLKERAKFSMSNLVKN HHHCEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ELLEYQELVKTKRLSMQKFALNILIKAPSLEDLDAQTSLILGLLFKENLVGVIETFGLKG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC GYFSFFPERIHLNHRLRFLTSKALACLMVFERQNLGFKANSWGNSPLSVFKNLDYSPFLF CHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHHCCCCCCEEE NFHNQEVSHNNAKEIARVNGHTLIIGATGSGKSTLISFLMMSALKYQNMRLLAFDRMQGL ECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHH YSFTKFFKGHYHDGQSFSINPFYLEPNLQNLEFLQSFFLSMLDLAPSRDKEALEDMNAVF HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH SAIKSLYETLYPKAFSLLDFKETLKRTSSNQLSLSLEPYLNNPLFNALNDALNSNAFLNV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEE INLDTITQNPKDLGLLAYYLFYKILEESRKNDSGFLVFLDEFKSYVENDLLNTKINALIT EEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QARKANGVVVLALQDIYQLSGVKNAHSFLSNMGTLILYPQKNARELKHHFNVPLSETEIS HHHCCCCEEEEEHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHH FLENTPLYARQVLVKNLGNGNSNMIDVSLESLGRYLKIFNSDSSHVNKVKALQKDYPKEW HHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHH REKLLKS HHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 10749166; 10882236; 7494028 [H]